基于具体案例浅谈生物序列的同源性支持问题应对

在生物技术领域的专利申请中，涉及蛋白质或核酸序列的权利要求常常面临说明书支持性的挑战。尤其当权利要求中包含“同源性限定+功能性限定”时，审查员往往质疑说明书是否充分支持这种撰写方式。

从该领域的审查意见来看，大部分中国审查员普遍认为：①该领域的可预期程度较低，序列结构的差异会导致功能的改变或缺失；②对于一种基因或蛋白质来说，要确定除了其本身之外，是否还存在衍生序列能够具有相同的功能，需要实施例效果数据的支持。本文结合一个具体案例和相关判例，浅谈生物序列的同源性和功能性限定的支持问题，并提供一些撰写和答复的建议供申请人参考。

<案情介绍>

权利要求1请求保护一种改良酶，其与野生型相比提高了高温下的酰胺化合物耐性，特征在于所述酶来源于特定的属，野生型包含α亚基和β亚基，α亚基包含的固定序列，以及在特定位置处具有特定的氨基酸置换，α亚基由SEQ ID NO: 4 所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO: 4 所示的氨基酸序列具有98%以上的同源性的氨基酸序列组成，所述β亚基由SEQ ID NO: 2 所示的氨基酸序列或与SEQ ID NO: 2 所示的氨基酸序列具有95%以上的同源性的氨基酸序列组成。

审查员在审查过程中质疑这种同源性限定无法得到说明书实质上的支持。具体而言，审查员认为“权利要求1中仅限定了α亚基的特定区段具有固定序列，SEQ ID NO: 4具有203个氨基酸，98%的同一性意味着，至少有4个氨基酸的改变， SEQ ID NO: 2 则具有229个氨基酸，95%的同一性意味着，至少有10个氨酸的改变，且在改变的位点和氨基酸类型不限的情况下，由此产生的衍生序列的数量是巨大的，远远超过说明书实施例所验证的突变序列”，进而认为权利要求1得不到说明书的支持，不符合专利法第26条第4款的规定。

申请人采取了如下应对策略，通过争辩说服审查员认可权利要求1能够得到说明书的支持：

首先，申请人强调该酶的功能改善关键在于α亚基特定位置的特定置换，而非整个序列的变化。说明书中详细记载了该置换如何提升酰胺化合物的耐性，并通过实施例验证了效果。

其次，权利要求中限定的固定序列为该酶发挥作用的活性中心，而本申请的改良酶的氨基酸序列中并未改变上述活性中心的氨基酸序列。因此，在突变未发生在活性中心的情况下，本申请的改良酶具备催化活性是能够合理预期的。

再者，申请人提交了该特定属的多个菌株的α和β亚基序列比对结果，显示其与实施例中的序列具有95%以上的同一性，尤其在关键功能区域具有高度保守性。为了进一步补强，申请人引用了KEGG等数据库，说明这些蛋白质的功能均相同，与发明目的（改善酰胺化合物耐性）一致。尽管说明书未逐一记载所有序列的功能，但通过功能验证补强说理，为同源性限定提供了技术依据。

<案例启示>

►在撰写涉及序列同源性的申请时：

1. 尽可能详细描述，例如多记载“同源性/同一性”的百分比点值，并结合功能性描述说明同源性限定针对非关键区域，而关键区域是必须保留且不具有突变的；

2. 避免仅以百分比限定，从原理上加入“只要该区域保持完整，其他区域的保守性替换通常不会显著影响其活性”等类似的描述，并结合关键位点、功能域或结合能力等功能性特征进行描述；

3. 在实施例中提供直接验证的原始序列和特定突变体的功能数据；对来自不同物种或经过不同程度修饰的、具有高同源性的多个序列进行功能测试。即使测试的数据有限，也能极大地增强“效果可预期”的说服力，证明功能对序列变化不敏感。

►在答复审查意见时：

a. 结合实施例中原始记载的比对数据，说明为何高同源性序列在导入相同突变后可预期具有相同技术效果；

b. 提交多序列比对图，直观展示高同源性序列在关键功能区域的高度保守性，证明自然界本身存在其他区域的变异但功能保持不变。

c. 引用实验数据或结构预测工具，增强变异序列的可接受性。

值得一提的是，在（2016）最高法行再85号判决中，法院审理了关于“热稳定的葡糖淀粉酶”专利的无效行政纠纷。争议焦点之一即为修改后的权利要求中“与SEQ ID NO:7具有至少99%同源性”的表达是否得到说明书支持。

“6、一种具有葡糖淀粉酶活性的分离的酶，与SEQ ID NO: 7中所示全长序列之间同源的程度至少为99％，并且具有由等电聚焦测定的低于3.5的等电点。

10、根据权利要求6-9任一项的分离的酶，所述的酶来源于丝状真菌Talaromyces属，其中丝状真菌是T.emersonii菌株。

11．权利要求10的酶，其中丝状真菌是T.emersonii CBS 793.97。”

专利权人在再审审查程序中提交了反证来证明本领域技术人员的水平、所保护的菌种的生存环境和生物特征的相似性、以及该酶在真菌中的进化是保守的。法院最终认为：“99%以上同源性与菌种或者菌株来源的双重限定已经使得权利要求的保护范围限缩至极其有限的酶，在说明书实施例已经证实了原始序列涉及的蛋白具有特定酶活性的情况下，前述通过99%同源性限定的蛋白也能够得到说明书的支持”。

最高人民法院在上述判例中明确了使用“同源性+来源+功能”限定方式的生物序列权利要求得到说明书支持的判断规则和生物序列发明专利的授权标准，对蛋白质、基因相关专利申请的撰写和审查具有指导意义。

中国虽然并非判例法国家，但在答复审查意见时引入上述判决，可能更有利于说服审查员。

►PCT申请撰写的建议

应考虑不同国家对同源性表达的审查尺度差异。同源性限定的可接受百分比因各国家和地区的审查制度而异，JP和US通常可能会接受90%以上的同源性限定，而EP可能会接受85%或90%以上的同源性限定。本案例中，JP、US和EP同族申请甚至以包含X的通式序列获得了授权。可见CNIPA对同源性+功能限定的撰写方式限定的权利要求的严格程度明显高于其他局。

因此，在撰写涉及“同源性+功能限定”的 PCT申请时，除上述建议外，说明书中建议提供适配各国审查的技术方案，为后续进入各国时的权利要求调整留出空间；并优先考虑功能性限定的可验证性，如是否有实验数据或结构预测支持等。